첫째, 납세자는 특수관계자 간의 국제거래에 대하여 향후 과세당국이 이전가격 세제를 적용할 경우 발생할 수 있는 세무 불확실성을 제거할 수 있습니다. 승인조건을 충족하여 소득을 신고·납부할 경우 납세자는 이전가격 관련 세무조사의 위험 없이 경영에 전념할 수 있다. 경우에 따라서는 사전승인 내용에 대한 연장신청을 통해 장기간 이전가격 세무조사 위험을 제거할 수도 있습니다.

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둘째, 납세자는 회사의 자산이나 인력을 효율적으로 배분할 수 있습니다. 납세자는 APA 승인을 받을 경우 이전가격 관련 세무조사 대응 등에 필요한 인력과 자금을 보다 생산적인 곳으로 투입할 수 있게 됩니다. 또한 이전가격 문제를 사후 세무조사 과정에서 해결하기 위해서는 세무대리인 선임, 소송비용 등 많은 금전적 비용과 시간이 소요되지만, APA는 세무조사 대응에 비해 저렴한 비용으로 이전가격 문제를 해결할 수 있습니다.

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셋째, 이전가격 과세에 따른 이중과세 문제를 해결할 수 있습니다. 양국과 세당국이 상호합의하는 쌍방 APA의 경우 이전가격 승인내용에 따라 대응조정과 보상조정이 이루어져 납세자에게는 전혀 이중과세가 발생하지 않습니다.

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넷째, 이전가격 관련 합리적 의사결정이 가능해 집니다. APA는 일반적으로 전문적인 세무대리인의 조력과 과세당국의 이전가격 전문가에 의해 처리되기 때문에 국제적 과세기준이 엄격히 적용됩니다. 아울러 상대국과 세당국과 대등한 입장에서 협의를 하기 때문에 합리적인 의사결정이 가능합니다. APA 처리과정에서 납세자는 언제든지 의견을 제시할 수 있고, 과세당국과 활발한 의사교환이 가능하기 때문에 납세자 및 과세당국 모두가 만족할 수 있는 결과를 도출할 수 있습니다.